Desde tiempos antiguos los parajes que circundan Miraflores han sufrido una fuerte antropomorfización debido a la actividad tanto agrícola como ganadera, lo cual ha dado lugar en amplias zonas a un paisaje adehesado y de tierras de labor que poco a poco, con el paso de los años y el abandono progresivo de ambas actividades, ha ido revertiéndose a su estado primigeneo, no sin conservar hoy en día excelentes muestras de fincas adehesadas principalmente de fresno (Fraxinus angustifolia), con manchas de roble rebollo (Quercus pyrenaica).

La masa arbórea de Miraflores de la Sierra está diferenciada claramente siguiendo un corte altitudinal. En la rampa serrana encontramos grandes extensiones de fincas ganaderas adehesadas con encina (Quercus ilex) como especie principal y rebollos (Quercus pyrenaica) y enebros de la miera (Juniperus oxycedrus) como acompañantes puntuales. A medida que vamos subiendo y la humedad va en aumento nos encontramos con pequeños rodales de arce de mompelier (Arce mompesulanum) que se mezclan con robles, encinas y enebros, junto con alisos (Alnus glutinosa) y sauces caprunos (Salix caprea) en zonas de ribera. Más exporádicamente encontramos igualmente ejemplares de majuelos (Crataegus monogyna), cerezos silvestres (Prunus avium) y mostajos (Sorbus aria). A la altura del pueblo nos encontramos tanto grandes masas de rebollos en los montes de La Raya, Monte Aguirre y faldas del Pico de la Pala, como excelentes masas adehesadas de encinas en la parte sureste del casco con el Monte Público La Dehesilla como gran ejemplo de estas. Por último, tras el robledal nos encontramos con una masa de pino silvestre (Pinus sylvestris) de repoblación que ocupa toda la ladera del Monte Aguirre y de La Raya hasta la zona de piornal. En ella podemos encontrar ejemplares sueltos de pino resinero (Pinus pinaster), laricio (Pinus nigra) y diferentes cedros (Cedrus atlantica y Cedrus deodara), así como pies aislados de serbal de los cazadorers (Sorbus aucuparia) en zonas de umbría junto los cauces de agua.

En cuanto al sustrato arbustivo y plantas trepadoras está representado por endrinos (Prunus spinosa), escaramujos o rosal silvestre (Rosa canina), zarzamora (Rubus ulmiformis), madrelva (Lonicera etrusca e implexa), retamas (Cytisus scoparius y Retama sphaerocarpa) y hiedra (Hedera helix), entre otras.

Las plantas aromáticas y demás especies xerófitas (bajas necesidades hidrícas) se ven representadas principalmente por la jara pringosa (Cistus ladanifer) y jara de hojas de laurel (Citus laurifolius), el torvisco (Daphne gnidium), el brezo común o brecina (Calluna vulgaris), el brezo blanco (Erica arborea), el romero (Rosmarinus oficinalis), la santolina o abrótano hembra (Santolina chamaecyparissus), la mejorana (Thymus mastichina), el tomillo salsero (Thymus zygis) y el cantueso(Lavandula stoechas), entre otras.